Nach dem Medizinstudium und der Promotion 1852 war Alfred Hegar zunächst als praktischer Arzt und Militärmediziner in Darmstadt tätig.1864 nahm er den Ruf als Ordinarius für Geburtshilfe und Gynäkologie an die Universität Freiburg an. Von 1868 bis 1904 leitete er als Direktor die Freiburger Universitätsfrauenklinik. Nach seiner Emeritierung war er Mitgründer der Oberrheinischen Gesellschaft für Geburtshilfe und Gynäkologie. Ihm wird 1904 die Ehrenbürgerschaft der Stadt Freiburg verliehen. Alfred Hegar gilt als Begründer der operativen Gynäkologie und verfasste zahlreiche Lehr- und Standardwerke zur Gynäkologie und Geburtshilfe. Er entwickelte die bis heute in der gynäkologischen Diagnostik gebräuchlichen sogenannten Hegar-Stifte (1879) zur Erweiterung des Gebärmutterhalskanals und den Hegar'schen Nadelhalter. Bekannt sind zudem die Hegar'schen Schwangerschaftszeichen (1884) zur Feststellung einer Schwangerschaft in den ersten Monaten. Alfred Hegars unbestreitbare Verdienste im Bereich der operativen Gynäkologie und Geburtshilfe gehen nicht nur mit einem zeitgenössisch durchaus verbreiteten menschen- und frauenverachtenden Denken einher, sondern auch mit der Begründung von rassistischem und eugenischem Gedankengut. In seiner gegen August Bebel 'Die Frau und der Socialismus' (1883) gerichteten Schrift 'Der Geschlechtstrieb. Eine social-medizinischen Studie' (1894) verband er sozialdarwinistische und biologistische Vorstellungen mit rassenhygienischen Forderungen. Er war einer der ersten Fürsprecher einer staatlichen Regulierung der Fortpflanzung und einer rassenhygienisch begründeten Eugenik. 1905 wurde er Ehrenmitglied der neu gegründeten Berliner 'Gesellschaft für Rassenhygiene'.