Lexer, der Sohn des bekannten Germanisten Matthias von Lexer, war einer der bedeutendsten Chirurgen seiner Zeit. Er galt als 'Vater der Wiederherstellungschirurgie', d.h. der operativen Beseitigung von Körperverstümmelungen, die durch Kriegseinwirkung hervorgerufen waren. Er entwickelte nicht nur neue Operationsmethoden und war ein erstklassiger Operateur, sondern auch ein guter Universitätslehrer. Lexers wissenschaftliche Verdienste stehen außer Zweifel. Die Erich-Lexer-Klinik für Ästhetisch-Plastische Chirurgie in Freiburg, die eng mit dem dortigen Universitätsklinikum kooperiert, und eine Auszeichnung, der von der Deutschen Gesellschaft verliehene Erich-Lexer-Preis, tragen daher auch den Namen des international angesehenen Mediziners. Wenig rühmlich war dagegen sein Verhalten im Dritten Reich. Lexer, der schon vor 1933 von seinen Studierenden 'deutsches Denken und Handeln' forderte, begrüßte die sogenannte 'Machtergreifung' durch die Nationalsozialisten. Obwohl er zu diesem Zeitpunkt schon 66 Jahre alt war, wurde er Mitte 1933 'förderndes Mitglied' der 'Allgemeinen SS' und Himmler ernannte ihn noch vier Wochen vor seinem Tode zum Obersturmbannführer. Einer Blutordensträgerin und guten Freundin des Reichsführer SS verdankte Lexer auch die Aufhebung seiner zwischenzeitlichen Emeritierung aus Altersgründen. Unter seiner Leitung verfügte die Chirurgische Klinik in München über eine Spezialabteilung zur Behandlung hoher NS-Funktionäre. In seiner Amtszeit und unter seiner Verantwortung wurden 1.050 Menschen zwangssterilisiert. Wie eine Reihe von Ärzten und Naturwissenschaftlern der Zeit besaß Lexer eine hohe Affinität zum sozialdarwinistisch-rassehygienischen Gedankengut. Mit seinem Fachbeitrag über 'Die Eingriffe zur Unfruchtbarkeit des Mannes und zur Entmannung' zum 'Gesetz zur Verhütung erbkranken Nachwuchses' ging er aber über ein bloßes Bekenntnis zur Rassenideologie der Nationalsozialisten hinaus. Der genannte Aufsatz war eine Handreichung bzw. Anleitung zur Zwangssterilisation, in der sämtliche möglichen OP-Methoden zur Unfruchtbarmachung (des Mannes) beschrieben wurden. Lexer erhielt 1937 von Hitler, den der Chirurg als 'gottbegnadeten Führer' bezeichnete, die Goethe-Medaille für Wissenschaft und Kunst.